Маркус – сын покойного гонщика формулы 1 Манфреда Винкельхока (Manfred Winkelhock) и племянник аса гонок на кузовных автомобилях Йоакима Винкельхока. Все три швабских спортсмена в какой-то период своей гоночной карьеры выступали в DTM.
1998 Начинает свою спортивную карьеру с германского чемпионата Formula König, где занимает второе место.
1999 Проводит год на родине, выступая в серии Formula Renault за команду Lechner Racing. На пути к итоговому 4-му месту становится победителем на нескольких трассах.
2000 Переходит в Formula Renault 2000 Eurocup (6-е место в общем зачете).
2001-2002 В течение двух лет постоянно находится в числе лидеров German Formula 3, выступая за Mücke Motorsport. Занимает 5-е и 7-е места соответственно, и за весь этот период выигрывает 4 заезда.
2003 Начинает участвовать в сложном турнире Formula 3 Euroseries, продолжая сотрудничать с Mücke Motorsport. Дважды побеждает за рулем прошлогодней модели Dallara-Mercedes, и завершает год на 4-й позиции в турнирной таблице.
2004 Переходит в немецкий чемпионат кузовных автомобилей DTM и начинает работать с командой Team Persson. Лучшим результатом сезона, проведенного за рулем Mercedes CLK, стало 9-е место в показательной гонке вне программы турниры, которая прошла в Шанхае, Китай.
2005 Возвращается к состязаниям формульных болидов и проводит удачный сезон в World Series by Renault с американской командой Draco Multiracing. Победитель трех заездов, Маркус занимает 3-е место по очкам в общем зачете. В конце года, 10 декабря, гонщик успешно проводит тестирование автомобиля команды Midland Formula 1.
2006 В январе спортсмен получает место тестового и запасного пилота Midland F1. Он четырежды выступает на пятничных тренировочных заездах (в Бахрейне, Австралии, Германии и Венгрии).
2007 Дебют в формуле 1 в Нюрбургринге с командой Spyker F1. Также он заменяет травмированного Тома Кристенсена (Tom Kristensen) в DTM за рулем Audi A4 формата 2007 года. Не заработав ни очка по итогам 3 заездов, гонщик переходит в Futurecom TME, где сменяет Адама Кэрролла (Adam Carroll), перешедшего в серию GP2. Лучший результат, который ему удалось показать за рулем Audi A4 DTM формата 2005 года – 9 место на трассе Муджелло.
2008 Третий год официального участия в DTM Маркус проводит с командой Audi Sport Team Rosberg, выступая на прошлогодней модели Audi. Сезон заканчивается для него 12-м местом, которому предшествует 6-е место в Ошерслебене. Еще дважды в течение года гонщику удается заработать себе баллы, в результате чего на его счету оказалось 6 очков.